Setelah tak sengaja mengintervensi kasus Patroli Waktu, Bon harus ikut Agen Ream menyelamatkan jiwa-jiwa tak berdosa dari masa lalu—sambil menyaksikan jalannya sejarah.

Di permukaan, SMA Koudo Ikusei adalah sebuah utopia. Para siswa menikmati kebebasan yang tak tertandingi, dan peringkatnya tinggi di Jepang. Namun, kenyataannya kurang ideal. Empat kelas, A sampai D, diurutkan berdasarkan prestasi, dan hanya kelas teratas yang menerima perlakuan yang menguntungkan. Kiyotaka Ayanokouji adalah siswa Kelas D, tempat sekolah membuang yang terburuk. Di sana dia bertemu dengan Suzune Horikita yang tidak ramah, yang percaya dia ditempatkan di Kelas D karena kesalahan dan keinginan untuk naik ke Kelas A, dan idola kelas yang tampaknya ramah Kikyou Kushida, yang bertujuan untuk mendapatkan teman sebanyak mungkin.