Naruto Shippuuden adalah kelanjutan dari serial TV animasi asli Naruto. Kisah ini berkisah tentang Uzumaki Naruto yang lebih tua dan sedikit lebih matang dan upayanya untuk menyelamatkan temannya Uchiha Sasuke dari cengkeraman Shinobi seperti ular, Orochimaru. Setelah 2 setengah tahun, Naruto akhirnya kembali ke desanya Konoha, dan mulai mewujudkan ambisinya, meskipun itu tidak akan mudah, karena Ia telah mengumpulkan beberapa musuh (lebih berbahaya), seperti organisasi shinobi. ; Akatsuki.

Di dunia lain, ninja adalah kekuatan tertinggi, dan di Desa Tersembunyi di Daun hiduplah ninja paling sembunyi-sembunyi di negeri itu. Dua belas tahun sebelumnya, Rubah Ekor Sembilan yang menakutkan meneror desa dan merenggut banyak nyawa sebelum ditundukkan dan rohnya disegel di dalam tubuh bayi laki-laki. Anak laki-laki itu, Naruto Uzumaki, telah tumbuh menjadi seorang ninja-in-training yang lebih tertarik pada lelucon daripada mempelajari ninjutsu .. tapi Naruto bertekad untuk menjadi ninja terhebat yang pernah ada!