Suatu hari Gon Freecss yang berusia dua belas tahun menemukan bahwa ayah yang selalu diberi tahu bahwa ayahnya sudah mati, masih hidup dan sehat. Ayahnya, Ging, adalah seorang Pemburu — anggota elit masyarakat dengan izin untuk pergi ke mana pun atau melakukan hampir semua hal. Gon, yang bertekad untuk mengikuti jejak ayahnya, memutuskan untuk mengambil Ujian Hunter dan akhirnya menemukan ayahnya untuk membuktikan dirinya sebagai seorang Pemburu dengan haknya sendiri. Namun di tengah jalan, dia belajar bahwa ada lebih banyak untuk menjadi seorang Pemburu daripada yang diperkirakan sebelumnya, dan tantangan yang harus dia hadapi dianggap sebagai yang terberat di dunia.

Di permukaan, SMA Koudo Ikusei adalah sebuah utopia. Para siswa menikmati kebebasan yang tak tertandingi, dan peringkatnya tinggi di Jepang. Namun, kenyataannya kurang ideal. Empat kelas, A sampai D, diurutkan berdasarkan prestasi, dan hanya kelas teratas yang menerima perlakuan yang menguntungkan. Kiyotaka Ayanokouji adalah siswa Kelas D, tempat sekolah membuang yang terburuk. Di sana dia bertemu dengan Suzune Horikita yang tidak ramah, yang percaya dia ditempatkan di Kelas D karena kesalahan dan keinginan untuk naik ke Kelas A, dan idola kelas yang tampaknya ramah Kikyou Kushida, yang bertujuan untuk mendapatkan teman sebanyak mungkin.