Film ini menceritakan bagaimana awal pertemuan Scooby dan Shaggy. Shaggy yang coba menyelamatkan Scooby dari seorang polisi hingga mereka berdua akhirnya bersahabat. Mereka berdua pun bertemu Freddie, Velma dan Daphne dan menjadi anggota geng Mystery Inc. Scooby adan anggota akan menghadai sebuah misteri yang menantang yaitu komplotan anjing hantu Cerberus ke dunia. Bagaimanakah aksi mereka membongkar misteri ini ?

Saat marmut licik menangkap Superman, Labrador setia milik sang pahlawan merekrut sekelompok hewan peliharaan hebat dari tempat penampungan untuk menyelamatkan Superman.