Pasca serangan terhadap Pearl Harbour, perwira intelijen militer Edwin Layton (Patrick Wilson) menyebut Jepang kembali akan menyerang AS. Kali ini serangan akan menuju Midway. Kisah sebuah pertempuran terbesar yang pernah terjadi di Pasifik yang menjadi titik balik dan mengubah jalan perang dunia ke II.

Ketika Alita terbangun tanpa ingatan tentang siapa dia di dunia masa depan yang tidak dia kenal, dia ditangkap oleh Ido, seorang dokter yang penuh kasih yang menyadari bahwa di suatu tempat dalam cangkang cyborg yang ditinggalkan ini adalah hati dan jiwa seorang wanita muda dengan luar biasa. lalu.