Ketika makhluk-makhluk jahat, yang diperkuat oleh kesombongan ilmiah manusia, mengancam umat manusia dan kelangsungan hidupnya, Ibu Pertiwi membalas dengan senjata pamungkasnya, Godzilla, kekuatan alam yang menghancurkan, yang akan menghadapi makhluk-makhluk ini dalam pertarungan yang sengit. Di tengah semua kekerasan dan kekacauan, kita mengikuti tiga anggota keluarga. Joe Brody adalah seorang ilmuwan di Jepang.

Pasca serangan terhadap Pearl Harbour, perwira intelijen militer Edwin Layton (Patrick Wilson) menyebut Jepang kembali akan menyerang AS. Kali ini serangan akan menuju Midway. Kisah sebuah pertempuran terbesar yang pernah terjadi di Pasifik yang menjadi titik balik dan mengubah jalan perang dunia ke II.