Agen J dan K kembali...pada waktunya. J telah melihat beberapa hal yang tidak bisa dijelaskan selama 15 tahun bersama Men in Black, tapi tidak ada apa pun, bahkan alien, yang membuatnya bingung selain rekannya yang masam dan pendiam. Namun saat nyawa K dan nasib planet ini dipertaruhkan, Agen J harus melakukan perjalanan kembali ke masa lalu untuk memperbaiki keadaan. J menemukan bahwa ada rahasia di alam semesta yang tidak pernah diberitahukan K kepadanya - rahasia yang akan terungkap saat ia bekerja sama dengan Agen K muda untuk menyelamatkan rekannya, agensi, dan masa depan umat manusia.