Tujuh puluh tahun sebelum Harry Potter membaca buku pelajaran yang ditulis oleh Newt Scamander (Eddie Redmayne) di Hogwarts, sang penulis berkelana mengunjungi perkumpulan rahasia penyihir di kota New York. Spin-off film Harry Potter yang berlatar belakang di tahun 1926 ini menceritakan kisah perjalanan Newt yang bepergian keliling dunia untuk bertemu dan mendokumentasikan hewan-hewan sihir. Akan tetapi ketika ia bersinggah di kota New York sebelum mengakhiri perjalanannya, Newt tidak sengaja melepaskan hewan-hewan sihir yang disimpannya di dalam koper sihir miliknya di dunia No-Maj (manusia tanpa kemampuan sihir).

Film yang juga dikenal dengan Fantastic Beast 3 ini akan mengawali kisahnya dari Newt Scamander yang menolong qilin. Ini adalah hewan ajaib yang bisa mengetahui ketulusan hati seseorang. Namun dalam proses penyelamatannya, ia dihadang anak buah Grindelwald. Mereka berhasil menghabisi induk qilin dan satu anaknya, sementara kembaran si anak qilin berhasil dibawa Scamander. Inilah yang nantinya akan menjadi misi penyelamatan dunia yang unik dari kejahatan Grindelwald. Albus Dumbledore tak tinggal diam. Ia membentuk pasukan untuk mengamankan qilin. Selain itu, hewan ini nantinya akan dibawa dalam pemilihan kepemimpinan dunia sihir. Para anggota dari kelompok Dumbledore terdiri dari saudara Scamander, Theseus, penyihir Amerika yakni Lally, Yusuf Kama, seorang muggle yaitu Jacob Kowalski dan Tina. Dumbledore mempersiapkan beberapa koper untuk anggota tersebut, di mana salah satunya berisi qilin. Kali ini, anda bisa menebak siapa diantara mereka yang membawa hewan ajaib tersebut.

Gellert Grindelwald telah melarikan diri dari penjara dan telah mulai mengumpulkan pengikut ke tujuannya — meninggikan penyihir di atas semua makhluk non-magis. Satu-satunya yang bisa menghentikannya adalah penyihir yang pernah disebutnya sebagai sahabat terdekatnya, Albus Dumbledore. Namun, Dumbledore akan perlu mencari bantuan dari penyihir yang telah menggagalkan Grindelwald sebelumnya, mantan muridnya, Newt Scamander, yang setuju untuk membantu, tidak menyadari bahaya yang ada di depan. Garis-garis digambar saat cinta dan kesetiaan diuji, bahkan di antara teman-teman dan keluarga sejati, di dunia sihir yang semakin terbagi.

Curiga bahwa rekannya bertanggung jawab atas serangkaian kematian pasien misterius, seorang perawat mempertaruhkan nyawanya sendiri untuk mengungkap kebenaran dalam film thriller mencekam ini berdasarkan peristiwa nyata.

Demo yang seharusnya damai berubah menjadi bentrokan brutal dengan polisi. Persidangan yang terjadi selanjutnya ialah salah satu yang terkenal paling buruk dalam sejarah.