Pada hari-hari terakhir Perang Dunia II, Nazi mencoba menggunakan ilmu hitam untuk membantu perjuangan mereka yang sedang sekarat. Sekutu menyerbu kamp tempat upacara berlangsung, tetapi tidak sebelum itu mereka memanggil bayi iblis yang diselamatkan oleh pasukan Sekutu dan dijuluki "Hellboy". Enam puluh tahun kemudian, Hellboy melayani tujuan kebaikan alih-alih kejahatan sebagai agen di Biro Penelitian & Pertahanan Paranormal, bersama dengan Abe Sapien - seorang duyung dengan kekuatan psikis, dan Liz Sherman - seorang wanita dengan pyrokinesis, melindungi Amerika dari kekuatan gelap.